仓耀祖光和七年（184年），黄巾起义爆发，朝中公卿都推荐朱儁，说他有才略。于是，朝廷任命他为右中郎将，持节，与皇甫嵩共同出征。

朱儁先与黄巾军波才部作战，失败。皇甫嵩退守长社（今河南高官葛县东北）。波才率大兵包围城。当时，城中兵少，众寡悬殊，军中震恐。皇甫嵩安慰部下，并打算使用火计。天遂人愿，当晚大风骤起。皇甫嵩命令将士扎好火把登城墙，先派精锐潜出围外，纵火大呼，然后城点燃火把，与之呼应。皇甫嵩借此声势，鸣鼓冲出。黄巾义军缺乏战斗经验，惊慌散乱，被迫后撤。这时，曹操也奉命赶来，于是皇甫嵩、曹操、朱儁合兵，乘胜追击。黄巾义军顽强抵抗，斩杀数万人。

接着，皇甫嵩又和朱儁一起乘胜镇压汝南、陈国地区的黄巾军，并追击波才、进攻彭脱，连连取胜，平定了三郡之地。皇甫嵩表朝廷，推功于朱儁，朱儁被封为西乡侯，迁镇贼中郎将。

当时南阳郡黄巾首领张曼成起兵，自称“神使”，拥众数万，杀郡守褚贡，屯驻宛城（今河南南阳）百余日。继任太守秦颉击斩张曼成。黄巾余兵又举赵弘为帅，人众越来越多，达到十几万人。朱儁、荆州刺史徐璆和秦颉合兵一万八千人，进击赵弘，从六月直到八月，始终不能取胜。有人建议要召朱俊回京。司空张温疏劝阻，他说：“当年秦用白起，燕任乐毅，都是旷年持久，才能够克敌。朱儁讨颍川，已经有功效，率部南征，计划已定，临阵换将，这是兵家所忌的，应该给他时间，让他成功。”灵帝依议。朱儁于是挥兵急攻宛城，杀死赵弘。

黄巾军又以韩忠为帅，仍然占据宛城。朱儁兵少不敌。于是解散城围，扎下营垒，筑造土山，面对城内。鸣鼓呐喊，摆出进攻城西南的态势。黄巾军全都赶赴应敌。朱儁却自率精兵五千，进攻东北，将士鼓勇，登城而入，韩忠退守小城，惊惧非常，请求投降。

朱儁的司马张超及徐璆、秦颉皆欲听之。朱儁不同意，他说：“出兵有形同而实异的地方。当初在秦末的时候，人民没有稳定的君主，所以以赏附来劝降。现在海内一统，只有黄巾造反，纳降他们不能使人向善，讨伐他们足以惩恶。现在如果接受他们的投降，那就滋长他们造反的意念，给他们有利就进战，不利就乞降的想法，这是纵敌长寇的策略，不是良计。”说完，下令急攻，但一连数日，都未能攻克。

朱儁登土山，瞭望黄巾营垒，然后对张超说道：“我知道了！贼人的外围坚固，内营逼急，求降不得，想出也出来不得，所以他们殊死战斗。万人一心，尚且不可当，何况是十万呢！强攻的害处太大了。不如把包围撤除，集合部队进城。韩忠看见包围已经解除了，一定会自己出来，等他们出来，兵心就散了，这是易于攻破的方法啊。”

于是下令解围。韩忠见围解，果然引军出战，朱儁乘势进击，大破其军，追击十余里，斩杀一万余人。韩忠等人只好投降。秦颉杀死韩忠，黄巾余众不能自安，又以孙夏为帅，还驻宛城。朱儁进攻，孙夏败走，朱儁纵兵击杀万人。黄巾因此破散流离。

中平二年（185年）春天，朝廷任命朱儁为右车骑将军。朱儁率兵回京，被任命为光禄大夫，增加食邑五千户，改封钱塘侯，加位特进。后来因为母亲丧离职。服毕起家，任将作大匠，转任少府、太仆。

黄巾起义之后，各地农民纷纷起义。其中大声的就自称雷公，骑白马的就自称张白骑，行动轻便的就说是飞燕，胡须多的就号称于氐根，大眼的就说大目，如此多的称号，都各有原因。人多的聚众二三万，小的也有六七千人。其中，以常山人张燕势力最大，他轻勇矫捷，军中都号称是“飞燕”，他善得士卒的爱戴。据众百万，占据黑山，朝廷无法讨平。后来，他遣使至京师，投降了朝廷，被拜为平难中郎将，领河北诸山谷事。

后来，张燕渐渐率兵侵犯河内郡，进逼京师。朝廷任命朱儁为河内太守，率领家兵击退张燕。后来他们大多都被袁绍所讨平。此后，朱儁历任光禄大夫、屯骑校尉、城门校尉、河南尹。

中平六年（189年），董卓把持政权。因朱儁是功高望重的将领，董卓对他格外小心。外表与他亲近交结，内心则对他颇为忌惮。

初平元年（190年），关东州郡起兵讨伐董卓，推袁绍为盟主，兵锋甚为强盛。董卓感到恐惧，想请公卿们商议迁都长安，朱儁屡次阻止。董卓虽然厌恶朱儁和自己作对，但贪图他的高名，于是表奏请朱儁为太仆，做自己的副手。

使者到朱儁府后想要宣示诏命，朱儁坚决推辞，不肯接受，却乘机说：“国家西迁，必孤天下之望，以成山东之衅，臣不见其可也。”使者听了，很感奇怪，问他：“召您受任，您坚决拒绝；没问您迁都的事，您却说了半天，这是为什么呢？”朱儁说：“副相国，我不能胜任，迁都计，也不是急事。辞却不能胜任的职务，说点不关紧急的话，是我们做臣子的本分。”使者又问：“迁都的事，我从没听到过。就算朝廷有此打算，也还没有透露出来，您怎么知道的呢？”朱儁又煞有其事地说：“这可是董相国告诉我的，否则，我怎能知道？”使者没办法，只好回去复命。此事于是作罢。

初平二年（191年），董卓进入关中后，留朱儁守洛阳，朱儁便和山东诸将通谋，想作内应。后来，朱儁害怕董卓袭击自己，弃官逃往荆州。董卓任命弘农人杨懿为河南尹，驻守洛阳。朱儁闻讯，率兵还洛阳，杨懿退走。朱儁见河南残破，无法作为屏障依靠，于是引军向东面，屯驻在中牟县。并传信给各个州郡，召请部队讨伐董卓。徐州刺史陶谦派来精兵三千。其他州郡也派了一些兵来，陶谦便表奏任朱儁代理车骑将军。董卓闻知后，让他的将领李傕、郭汜率领数万人屯驻河南抵挡朱儁。朱儁出击，被击败。朱儁自知众寡不敌，于是停留关下，不再前进。