绫波丽听见了，真嗣在呼救。

在碇源堂自己的【补完】仪式刚刚结束的那一刻。

“解放AT力场、解放心之壁。

补完有缺陷的心灵，舍弃不必要的身体，让所有的灵魂在此刻合而为一。

然后，一起去唯的身边。”

说完，碇源堂伸出那只融合了亚当胚胎的手，握住丽的前胸，他们的肉体瞬间融合。

莉莉丝的灵魂与亚当的肉体实现了交融。

就在这时，绫波丽听到了真嗣震慑天际的呐喊。

初号机觉醒了，它身后的双翼幻化成了十字形光芒。月球上的朗基笃斯之枪受到召唤，迅速飞回地球，最终停在了初号机的脖颈前。

神枪的回归也意味着SEELE的人类补完计划仪式正式开始。

【让EVA量产机归于其原貌，带给我等人类福音的真貌，透过平等的死和祈祷，人们将归回于真貌。这也是灵魂的安息。】

祷词声毕，量产机开始了仪式。

它们抛弃了二号机的残骸，用朗枪钉住初号机的双手，并张口咬住十字光翼，刻下“圣痕”，使初号机悬停于一万两千米的高空上。

这画面仿佛耶稣受难。

……以初号机作为神的替身。

随着量产机的就位，S2机关的解放和AT力场反转，仪式开启，天空中出现了生命之树的圣光。

第三次冲击，到来。

地表的人类发出最后一声叹息，随后地表的一切都被爆炸吞噬。

地球上、巨大的球形核心露出，那是黑之月——人类生命的起源，莉莉丝之卵。

……

处于黑之月地底的碇源堂意识到时机已然成熟，要求凌波丽将成神的意志交给他，他要去见亡妻碇唯。

“我不是你的人偶。”

出乎意料的是，绫波丽选择了拒绝！

是了，从绫波丽想要掐断碇源堂的眼镜开始，从那破碎的镜片就可得见，丽已经摆脱了碇源堂的掌控。

她已经是第三个了，没有记忆却保有灵魂，继承了前两代的情感，在她灵魂深处对真嗣的感情是更为强烈的。

所以在听到真嗣的呐喊之后，丽凭借自己的意志，将碇源堂伸入自己体内，拥有亚当胚胎的手吸收，从手腕处切断了二者间肉体的联系。

同一个场景下，律子的“母亲”选择了男人，而真嗣的“母亲”选择了儿子。

“拜托……等等、丽！”

碇源堂绝望呼唤，这家伙终于也有翻车的一天。

接着，丽全身融入了莉莉丝体内，这白色的丑陋巨人挣脱了十字架上的钉子，逐渐幻化成了绫波丽的模样！

基地的幸存者们立刻发现有不明物体正在从最终教条区快速接近，她拥有AT力场，但不是使徒，是人类！

在众人惊讶的目光中，绫波丽就在他们面前中缓缓升起。

大白丽的肉身所过之处，一切人心深处的秘密都无所遁形，被窥探秘密的人无不崩溃尖叫。

初号机内，真嗣惊恐地看着大白丽就这么出现在眼前，精神彻底崩溃。

SEELE眼见计划出现误差，立即开始吟唱。

【通过EVA初号机驾驶员残缺的自我，对全人类进行补完。】

在大白丽的身边，量产机各就各位，结成环阵，AT力场产生共鸣并持续增幅，开始与大白丽同化。

量产机的鱼嘴头瞬间挤胀出一颗颗诡异人头。

真嗣被吓得SAN值狂掉，在无数次呼救无果后，他的精神逐渐恍惚，连初号机的核心都逐渐熄灭……

幻觉中，他将大白丽看成了渚薰，安详地闭上了眼。

朗基努斯之枪刺入初号机的核心，初号机获得了使徒拥有的生命之果与人类所拥有的智慧之果。

现在的初号机已经等同于神一般的存在，整个机体扭曲变形成了巨大的红色十字，十字底端衍生出无数根须，它被还原成了代表生命之芽的生命之树。

是拯救还是毁灭……全人类的命运交到了真嗣的手中。

在幻境中，耳边出现了妈妈的话语。

“你想祈求什么呢？”

少年面带微笑，思绪回到了孩提时光……

夕阳、沙地、秋千……

生活就像钟摆在痛苦和乏味中摆动……

幼小的真嗣默默用沙堆堆砌金字塔，玩着玩着，其他小朋友们开心的和妈妈一起回家，而自己却总是孤身一人。

一怒之下，他毁了一切，望着被自己亲手毁掉的沙雕，不知作何的真嗣再一次堆砌起来。

创造，然后毁灭。真嗣就在这无尽的循环中消磨时间，没有爱，他不知道这一切存在的意义究竟是什么……

之后，真嗣拥有了上帝视角，他看到了被融合后的他人的记忆……

他看到美里和加持用着大人的方式来相互慰藉；

他在精神世界与明日香对话，听到了（自己心中的）她的心声与自白，还有她严厉却切中要害的指责。

真嗣的思绪一片混乱，迷茫中，他回到了那个他们一起住的小屋，奔向明日香。

“我能帮你点什么吗？我希望能和你一直在一起……”真嗣说。

“那就什么也别做，别再靠近我，你只会伤害我而已。”明日香头都没有抬。

“明日香，救救我。

呐！只有明日香你能救我了。”

“……”

“说谎！”明日香抬起眼，站起身，对真嗣步步紧逼，每一句话都戳中他的心窝。

“你其实是谁都可以吧！

因为你害怕美里和一号适格者，害怕父亲、母亲，你只不过是逃到了我这里而已！

你从没有喜欢过别人！

你心中只有自己，而你甚至都没有喜欢过自己！”

明日香一把推倒真嗣，咖啡壶打落在地，滚烫的咖啡浸染真嗣的衣衫，而这点痛苦远比不上他内心的痛。

“真可悲……”

真嗣缓缓起身、无能狂怒，在明日香再一次拒绝他之后，他一把掐住了明日香的脖子！

意识的碎片再次出现。

真嗣痛恨这个世界。

他原本以为这是一个没有讨厌的事物、没有背叛的世界，以为别人也和自己一样，然而那一开始就是自己的一厢情愿。

既然大家都不需要我，既然我的存在，对他人没有任何影响，既然大家都不需要理解他人，既然心的存在没有意义……

那就都别活了！

此时的客观世界里，黑之月已经上升到了大气层，真嗣做出了“毁灭”的选择。

人类补完计划要开始了……

大白丽伸出12只羽翼，灵魂之屋开始，世界起始与终结的大门终于要被打开。

在丽血色眼球的凝视下，每个人的心之壁打开了，肉身化为橙色的LCL溶液，人们的灵魂被回收。

如果心中有喜欢或者惦念之人，就可以在重见心爱之人的幻觉中变成橙色汁液，如果没有，就只能在恐惧中消亡。

冬月看见了碇唯；伊吹见到了律子；日向看到了美里……

每个人的AT立场都在消失，SEELE的成员也都化为了一滩水，留下的只是一堆神经连接机器，原来他们早有准备，妄图采用意识保存的方式获取永生。

碇源堂在弥留之际终于看到了唯，同时也袒露了心声。

“我在真嗣身边，只会让他受到伤害，所以还不如什么都不做。”

这父子都是把内心封闭起来之人，碇源堂一直以为妻子可以补全自己心中的空缺，现在他才恍然大悟，原来最大的空缺是对儿子的愧疚。

作为移植亚当胚胎的惩罚，碇源堂的结局是被初号机吞噬。

整个地球被成片的圣光十字架覆盖，亿万个红色的星点在惨叫声中飞出，那是所有人类的灵魂，它们都将回归黑之月。

随后，生命之门在莉莉丝的额头上展开，真嗣和初号机所形成的生命之树进入到了灵魂之屋，回归母体，倾听着全人类的思想与意识。

在那意识的混沌领域，无数只手在紧握交融，无数意识在互相接收，只有……

只有明日香，明日香坚决地拒绝了真嗣！