藻化石（algaefossil）泛指由地质时期各种藻类保存而成的化石，主要有蓝藻、绿藻、红藻、轮藻、硅藻、金藻、甲藻等，化石保存整个藻体或局部构造，其中钙化者又统称为钙藻化石。

藻类化石分类系统多样，一般分为骨骼藻化石及非骨骼藻化石或钙藻化石及非钙藻化石两大类。化石藻类多为水生，浮游或底栖生活。最早的藻类化石距今约35亿年。

中、新生代地层中则产有丰富的硅藻、轮藻、沟鞭藻等。藻化石的研究方法比较特殊，也具有重要的地层意义。