流云穿越到火影忍者世界，经过三个月的苦修后，成功开启了神级签到系统，第一次任务要求他前往木叶村的死亡森林进行签到。流云到达以后，偶遇潜伏在木叶村，想要窥探情报的云忍村忍者，与之进行了缠斗。就在关键时刻，流云签到成功，获得了身体素质大幅增长以及百倍查克拉增幅，瞬间秒杀了众人。他无意中散发的能量，引起了木叶村各地的注视，其中包括了三代火影猿飞日斩以及暗部团藏，赶来调查。

在他们来临之前，流云巧妙躲过并回到了家中，渐渐适应身体的变化，隐藏了自己的踪迹。第二天清晨，鸣人来叫流云一起去学校，原来他们是同班同学，在流云重生以前，原来的主人也是吊车尾，于是和鸣人成为了好朋友。到达忍者学校以后，发现木叶十二小强除了第三班都在，伊鲁卡宣布考试开始。考官是伊鲁卡和即将叛逃村子的水木，眼见大家一个个通过了考试，鸣人心里十分紧张，流云反倒一点情绪波澜也没有。果不其然，考试开始后流云大放异彩，分身之术的数量多达上百个，完全碾压了其他天才，伊鲁卡内心震惊，水木十分嫉恨，默默记下了流云的名字，流云离开考场，众人虽然有疑惑但没有太震惊（不知道他的真实成绩）。

流云鼓励鸣人，鸣人前往考场，在出来的时候垂头丧气，不出意外失败了。之后伊鲁卡正式宣布成绩，只有包括鸣人在内的极个别人失败，其他人全部成为下忍。最重要的是，流云的成绩让众人大跌眼镜，皆是以一种震惊的目光看向他，对比之下，鸣人心里也很难过。流云没有去阻止，之所以这样，就是为了让水木暴露自己的身份，他想要利用水木。系统提示音响起，要求流云前往封印之书所在地进行第二次签到。

不出流云所料，当夜水木就潜伏到了木叶村之中，弄了一份假的封印之书又盗走了真的封印之书，没想到他这次想嫁祸的目标，临时改成了流云！结果流云不在家（故意隐藏了起来），恰巧灰头土脸的鸣人经过，然后只能按照原剧情嫁祸鸣人，伊鲁卡赶来追踪，不料就在途中，流云放任鸣人带着假的封印之书逃走，自己则打晕了水木，扮演成了水木拿走了真的封印之书。第二次签到奖励完成，流云学会了所有的封印之书的忍术：多重影分身、秽土转生、八门遁甲……只不过这些忍术，都需要很严苛的条件才能使用，以流云现在的能力仅仅能使用多重影分身。另一边，赶来的伊鲁卡解开了鸣人心结，并找到了昏迷的水木，把水木交给了三代火影。

水木一脸懵逼，不知道发生了什么，死活也问不出。无奈之下，三代火影只好把水木暂时关押，团藏来到，猜测近日这一切都是大蛇丸所为，指责猿飞日斩（其实都是流云所做）。另一边，鸣人看完了多重影分身之术，也无形中通过了下忍考试，忍者学校为大家安排了老师，流云被编到了第七班，宇智波佐助十分不服，屡屡想要和他作对，都被流云轻松化解，这让宇智波十分忌惮却又不敢轻举妄动。

终于，第七班开始执行第一个任务，而流云也收到了系统的第三次签到任务，正是赶往波之国签到。这一次他们遭遇的目标是桃地再不斩，以及诸多前来寻仇的云忍村忍者（上一次流云惹下的祸端），旗木卡卡西死死拖住，流云爆发击杀数名忍者，带大家突出重围。然而发现鸣人还在原地，并且有了一丝爆发的气势，流云发现自己能吸收查克拉，暂时压制住了鸣人爆发，获得了第三次签到任务奖励：千倍查克拉增幅，以及完美融合多重影分身。鸣人陷入昏迷，旗木卡卡西保护剩下两人正在赶来。

流云以一己之力，击杀桃地再不斩和白，并得到了储存空间收藏了他的大刀。鸣人醒来、旗木卡卡西赶到，流云佯装出无事发生过，有人击败桃地再不斩带走了刀，卡卡西虽然觉得诡异，也无法解释只能回归。

回到木叶村以后，流云不断地进行修炼，并在死亡森林中琢磨变化，没想到竟然正好遭遇了水木出逃。不过，流云还发现水木逃跑的背后，有几名暗部忍者在跟随。原来团藏之所以放任水木离开，就是为了想要引出幕后凶手。

没想到的是，在水木逃亡的途中，竟然遇到了赶来的大蛇丸派出的援兵，水木竟然是想投靠他。几名暗部遭到了音忍村忍者的围杀，流云发现在音忍村忍者手里，竟然还有宇智波家族的眼睛，于是流云出现轻松斩杀众人，拿到了宇智波家族的两颗眼睛，放到了储物空间。

水木的逃脱以及暗部的死亡，让木叶村的高层引发了一场震惊和讨论，他们不明白究竟是谁有这样的手段。团藏也在惊讶，因为他这才发现水木不知道在什么时候，窃取了两颗宇智波的眼睛，这关系着自己的秘密，于是团藏这段时间潜伏了起来。

流云在得到系统给予的第三次任务奖励后，暂时选择了修炼，等待着任务的来临。而猿飞日斩和木叶村高层，也在寻找着真相，终于找到了蛛丝马迹。

最后，在木叶暗部的围剿下，大蛇丸暂时逃离，水木被押回木叶。

与此同时，团藏也被暗部找到，猿飞日斩亲自出马，将团藏带回木叶村。

考虑到团藏在木叶的特殊性，日斩并没有对团藏进行过分处罚，而只是将其禁足在家。

团藏手段虽然脏了点，但大多数也都是为了木叶。

在日斩的再三逼问下，团藏终于道出了写轮眼丢失的真相。

事关宇智波一族，无论团藏做的如何过分，日斩不可能伙同宇智波来处罚团藏。

于是，日斩将写轮眼之事秘而不宣。

但是，关于写轮眼的调查并没有接触。

日斩亲自出马，亲自调查。

流云也发觉事情即将败露，如果想真正得到写轮眼，就必须背叛木叶。

相对于伙伴，他更看重力量。

于是，流云逃离木叶。

火之国边境外，他拿出苦无在护额上划了一道。

紧接着，他又换上了储物空间的写轮眼……